- 本分署前身創設於日治時期，隸屬「臺灣總督府農商局食糧部新竹事務所」單位名稱為「桃園出張所」。
- 臺灣光復後，于三十四年十二月經政府接收，三十五年一月四日改制為「臺灣省糧食局新竹事務所桃園分所」。
- 五十五年七月改制為「臺灣省糧食局新竹管理處桃園分處」。
- 六十八年七月改制，分處升格為「臺灣省政府糧食局桃園管理處」。
- 民國八十八年七月一日依臺灣省政府功能業務組織調整暫行條例第五條第二項規定將前台灣省政府糧食局臺北、桃園、新竹及苗栗等四個管理處與基隆分處，整併改隸為「行政院農業委員會北區糧食管理處」，轄區範圍包括基隆市、臺北市、新北市（原臺北縣）、桃園市、新竹縣市、苗栗縣、金門縣、連江縣等九個縣市，並於非管理處所在地之台北、新竹、苗栗分設辦事處，掌理北臺灣之糧食生產、儲運、糧價調查、肥料運銷等糧政業務。
- 九十三年一月三十日改制為「行政院農業委員會農糧署北區分署」。
- 一百一十二年八月一日改制為「農業部農糧署北區分署」。
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