法源依據：農業部農糧署各分署辦事細則

綜合企劃科掌理事項如下：
一、果菜、花卉批發市場之交易制度、資料查報之輔導及執行。
二、跨產業農產品多元行銷業務之輔導及執行。
三、農糧作物天然災害查報與救助之協助及督導。
四、跨產業冷鏈物流之輔導及執行。
五、學校午餐糧食蔬果供應業務之輔導及執行。
六、農產品初級加工場之輔導及執行。
七、農糧統計調查之輔導及執行；農情資訊之蒐集、整理及提供；農糧類公務統計報表之擬訂、編製及提供。
八、農場登記業務之執行。
九、其他有關綜合企劃事項。

園藝產業科掌理事項如下：
一、果樹、蔬菜、花卉產業發展、產銷計畫、集團化、企業化經營計畫之輔導及執行。
二、果樹、 蔬菜、花卉生產改進與產銷穩定措施及作物設施智慧化生產之輔導及執行。
三、蔬果、花卉產品與其加工品多元行銷宣傳及推廣之輔導及執行。
四、果菜、花卉批發市場經營管理及設施改善之輔導。
五、蔬果、花卉產品採後處理與外銷之輔導及執行。
六、蔬果、花卉加工設施改進與加工事業之輔導及執行。
七、跨產業釀酒事業之輔導及執行。
八、蔬果、花卉產品共同運銷、集貨場、冷鏈、物流之輔導及執行。
九、種苗產業管理、植物品種權利保護等政策推動、推廣之輔導及執行。
十、其他有關園藝產業事項。

稻作產業科掌理事項如下：
一、稻米調節措施、價格穩定計畫、糧價調查業務、糧商登記管理之輔導及執行。
二、市售食米與公糧稻米品質及衛生安全檢驗業務之輔導及執行。
三、公糧收(採)購業務之輔導及執行。
四、公糧倉儲、物資安全防護與災害處理、碾製加工、週邊設施、公糧委託業務之管理及執行。
五、政府稻米安全庫存量管理、糧食動員計畫之規劃及執行。
六、公糧供銷、副產品處理、天然災害儲備糧與國內外糧食救助之輔導及執行；公糧運輸、公糧包袋資材供需計畫之輔導及執行。
七、稻米集團產區企業化經營計畫、水稻育苗中心營運之輔導及執行。
八、稻米與相關製品行銷推廣、稻米品質競賽計畫之輔導及執行。
九、其他有關稻作產業事項。

雜糧特作科掌理事項如下：
一、耕作制度調整策略、計畫與方案之輔導及執行。
二、擴大農業經營規模方案之輔導及執行。
三、農糧產業涉及地層下陷防治、水資源合理利用及穩定供水策略等配合事項之執行。
四、雜糧、特用作物產業發展方案之輔導及執行。
五、雜糧、特用作物集團產銷企業化經營之輔導及執行。
六、雜糧、特用作物生產改進、採後處理、加工加值、行銷推廣與產銷穩定措施之輔導及執行。
七、其他有關雜糧特作事項。

農業資源科掌理事項如下：
一、農作物農藥殘留與重金屬污染等安全監測及管制之輔導及執行。
二、肥料供需資料蒐集與穩定措施及品質管理、友善環境農業資材、農田地力改良、有機質肥料及綠肥作物推廣之輔導及執行。
三、農業機械自動化、智能化與資訊之輔導及執行。
四、農糧產業資源利用發展方案之推廣、輔導及執行。
五、農產品溯源與驗證之輔導及執行。
六、有機農業政策輔導與推廣、產業發展、產銷計畫、獎勵及補貼計畫案件審核之輔導及執行。
七、有機驗證場(廠)所查察、產品品質與標章查驗、進口有機農產品申請案件審查之輔導及執行。
八、友善環境耕作發展方案、推廣團體之輔導與管理；友善農產品之行銷及推廣。
九、養蜂產業之輔導及執行。
十、其他有關農業資源事項。

秘書室掌理事項如下：
一、研考、文書、檔案、印信典守、出納、採購、事務、財產、辦公廳舍、工友管理及公關業務。
二、不屬其他各科、室、辦事處事項。

人事室掌理分署人事事項。

政風室掌理分署政風事項。

主計室掌理分署歲計、會計及統計事項。

各地辦事處掌理轄區內事項如下：
一、農糧作物生產、加工、行銷、推廣與冷鏈物流之輔導及執行。
二、農糧作物耕作制度調整、集團化、企業化、產銷調節之輔導及執行。
三、農業機械與自動化輔導、農產品溯源管理、農產品安全監測、有機友善農業、肥料之執行。
四、糧商登記管理、糧價調查、市售米管理與抽檢、公糧委託業務管理之執行。
五、農糧統計調查執行與農情資訊之蒐集及提供；農糧作物天然災害救助之執行。
六、其他有關轄區內農糧業務事項。